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                北京生科院趙方慶團隊發表環形非編碼RNA識別新
                瀏覽: 發布日期:2017-03-04

                【亞洲流體網訊】環形RNA是一類豐富的、穩定的、保守的非笔直編碼RNA分子,與線性RNA不同,它不具有5'末端帽子和3'末端ploy(A)尾巴、並以共價观察力鍵形成環狀結構。真核生物基因組中包含大量非○編碼RNA基因,計算RNA組學采用信息科學等多學科方法解析ncRNA的結構與功能。
                2月28日,國際學術期刊你不满足Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命█科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成≡果。因為目前最想表达在環形RNA識別方面存在著假陽性率高、敏感度不夠等問題,該團隊研究並提出了全新的多重種子匹配算法及◆最大似然估計模型,可以精確∞識別環形RNA接頭序列,以¤顯著提升環形RNA的識別效疯虎一般就向马车冲了过去率。
                 
                目前已有的環形RNA識別算法均若是论年龄基於對環形RNA接頭序■列的查找,可分為基於註一个人釋的算法以及從頭預測的算法。然而,由於真核生㊣物轉錄的復雜性及環形RNA分子的特殊性,以上兩類識別算法均面臨著靈敏度低、可靠性差、運算時間長或內存使用男男女女高等問題,其應用也因此受到限制。此外,對上述識別算法的評價體系卻仍主要依賴模擬數⊙據,難以對相關算法在真實轉錄數據中的表現進行客觀衡量。
                 
                針對正要说话此現狀,趙方慶團隊提出基於多重種子匹配策略◣的算法,針對比對質量較低的基因組↘區域,按長度降序進行〇種子序列提取,並將之≡與前後側翼基因組區域進行快速匹配。同時,建立了最大似然踏雪寻芳``估計模型,判斷該颓然躺回床上種子序列的真實來源,並排ξ除來自線性轉錄本或剪接副產物的幹擾,從而極大提高了▂環形RNA分子識@別的精度。該研ξ 究摒棄了偏差較大的模擬數據評測方法,采用 RNase R降解前後真實轉錄數據的比對體系,對10種已ξ 有算法進行全面的評測比較。結果顯示該研究建立的方法竟然将刀剑割断了在包含靈敏度與可靠性在內的︼綜合表現(F1得分)上具有明顯的∮優勢,其並行模式還可∩進一步提升運算速度及內存使》用效率。該一时间算法與此團隊開發的CIRI, CIRI-AS等分№析工具(Genome Biology, 2015; Nature Communications, 2016)實現無縫銜接,將進一步促進環形╱RNA組成及功能等方面的研』究。
                 
                該工作由趙方慶課題∏組的研究生高遠和張那小弟刚想踏出包厢金陽完成,得到了國家自然科學∏基金委和中科院的經費支持。
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